Peñarol será el único representante de Uruguay en la edición 2021 de la Copa CONMEBOL Libertadores Sub 20 que se disputará de forma íntegra en Ecuador entre el 5 y el 20 de febrero. 

'La casa del fútbol sudamericano', en la sede de la Confederación, albergó el sorteo de la fase de grupos y Peñarol quedó enmarcado en el Grupo B, junto con Liga Deportiva Universitaria de Quito (Ecuador), Sport Clube Internacional (Brasil) y Millonarios (Colombia). 

En el Grupo A estarán Independiente del Valle (Ecuador), Caracas (Venezuela), Sporting Cristal (Perú) y Blooming (Bolivia), mientras que el C estará integrado por Newell's (Argentina), Guaraní (Paraguay), U. de Concepción (Chile) y Orense (Ecuador).